Gjennom flere tiår har SINTEF Bioteknologi og nanomedisin bygget opp ekspertise for bruk av en rekke ulike organismer og cellemodeller.
Vi jobber både med naturlig forekommende (dvs villtyper) og (gen)modifiserte organismer, under både aerobe og anaerobe betingelser, i flytende og på faste medier, i tillegg til biofilm/begroing på overflater. Vi har mulighet til å dyrke celler og mikroorganismer i kulturvolum fra mikroliter til titalls liter, og fasilitetene våre er godkjent for å jobbe med organismer i biologiske fareklasser 1 og 2 (BSL-1 og BSL-2).
Fasiliteter og utstyr for dyrking og karakterisering av mikroorganismer og celler
-
Generelt mikrobiologisk utstyr for oppdyrking, vedlikehold og nedfrysing av kulturer (inkubatorer, sterilbenker, -80 °C-frysere og nitrogentanker) samt destruksjon av biologisk materiell (autoklaver i ulik størrelse).
- Anaerob arbeidsbenk, gassutveksler, og annet tillegg for å kunne dyrke under anaerobe forhold (f.eks. i mikrobioreaktorer eller gassfermentorer).
- Eget laboratorium for dyrkning av celler og organoider med høye krav til sterilitet og kontroll.
-
Muligheter for kultivering i ulike skalaer: brønnplater, rystekolber og bioreaktorer.
-
High-throughput robotisert screening-plattform og tilknyttede brønnplateristere for automatisert mikrofermentering, prøvebehandling og analyse.
-
Mikroskopering (konfokal, brightfield, fluorescens, SEM) med mulighet for automatisert mikroskopering og bildeanalyse.
- Utstyr for flow cytometri og fluorescens-aktivert cellesortering (FACS).
- Mikrofluid-kanalsystem (Ibidi og Mimetas) for å studere organismer under dynamiske strømningsforhold.
- Sekvenseringsutstyr for sekvens-basert identifikasjon og genomanalyse av organismer
Mikroorganismer og cellelinjer
Bakterier:
- Produksjonsorganismer for proteiner, små molekyler, polymere og metabolitter: E. coli, Bacillus, Corynebacterium, melkesyrebakterier, Pseudomonas, Azotobacter, Streptomyces, Clostridium, m. fl.
- Samling av aktinobakterier og andre isolat organismer som kilder til nye enzymer og bioaktive stoffer.
- Referansestammer og kliniske isolater, inkludert antibiotikaresistente stammer, for å studere nye antimikrobielle behandlingsmetoder.
- Fiskepatogene stammer for å studere og finne nye behandlingsmetoder for fiskesykdommer.
- Bakterier for gassfermentering og mikrobiell CO2-fangst (cyanobakterier, Clostridium, …).
Sopp:
-
Gjærsopp: Pichia, Saccharomyces, Hansenula, Yarrowia, Candida m. fl. og andre plantepatogene sopper.
Protister:
- Thraustochytrider for produksjon av omega-3-rike oljer.
Mikroalger:
- Dunaliella.
Celler og cellelinjer:
- Cryolager med mer enn 100 ulike humane cellelinjer, og induserte pluripotente stamceller.
- Eukaryote cellelinjer fra gnagere, gris, storfe, m.v.
- iPSC-differensierte nyre-organoider.
- Fiskecellelinjer og insektcellelinjer.
Pasientderiverte tumoroide eller organoide modeller:
- Endetarmkreft, colorectal cancer (CRC), Endetarmkreft med spredning, CRC med spredningssvulst i lever, COSENSE1.
- Endometriose, ICUE.
- Inflammatory Bowel Disease (IBD), InTRaCC.
Virus:
- Humane luftveisvirus, Fiskevirus og Lentivirus-vektorer for genredigering.
Andre:
- Ulike referansestammer for antibiotikaresistens (bakterier og gjærsopp)
Eksempler og metoder:
- Optimalisering av vekstmedier- og betingelser.
- High-throughput dyrking, screening og analyse.
- Genetisk modifisering og tilfeldig mutagenese av mikroorganismer.
- Utvikling av knock-in og knock-out cellelinjer.
- Produksjon av rekombinante proteiner.
- Mikrobiologisk konvertering av substrater til primær- og sekundærmetabolitter slik som aminosyrer, lipider, alkoholer, antibiotika, enzymer, mfl.
- Karakterisering av mikrobielle samfunn.
- Bioprospektering.
- Biofilmstudier.
- Identifisering av stammer vha sekvensering.
- Mikrobiell CO2 fangst i gassreaktorer.
- Avansert karakterisering vha transkriptomikk, lipidomikk, metabolomikk, og proteomikk.
- Morfologisk karakterisering av celler.
- Funksjonelle assays for å identifisere antimikrobielle stoffer.
- Cytotoksisitetsanalyse (lunge, lever, nyre, tarm, …).
- Funksjonelle assays for å studere molekylære prosesser, celleresponser og behandlingseffekter.
- Opptaksstudier av nanomedisiner.
- Konserveringsmetoder.
Relevante prosjekter og laboratorier
SINTEF Bioteknologi og Nanomedisin har ulike laboratorier for kultivering og karakterisering av mikroorganismer (bakterier, gjær, sopp, mikroalger, virus), celler (humane, mammalske og fisk) og pasient-deriverte modeller. Disse blir brukt til nedbryting av ulike substrater, produksjon av et bredt utvalg molekyler og stoffer, karakterisering av organismenes egenskaper, funksjonelle og biologiske analyser eller som produkt i seg selv. De pasient-deriverte modellene brukes for å forstå sykdom eller finne strategier for persontilpasset behandling. Laboratoriene er tett tilknyttet våre laboratorier for fermentering, molekylærbiologi, high-throughput screening, og massespektrometri.
Prosjekter: SFI Industrial Biotechnology, LeadtoTreat, BLUETOOLS, BIONEER, PYROCO2, BioBIVE, PlastiSpread, ESTELLA, PRESORT, COSENSE1, ICUE, InTRaCC, TAONas, AtlantECO, DisinfectAMR, ESWAT, Marbles, CellFit.