Totale driftskostnader til somatisk spesialisthelsetjeneste utgjør 53,4 milliarder kroner i 2006. På nasjonalt nivå innebærer dette en realvekst på 2,6 mrd kr fra 2005, noe som utgjør 5,1 prosent målt i faste. Øremerkede aktivitetstilskudd synker med til sammen 7,3 mrd fra 2005, hvorav det meste skyldes nedgang i refusjonsandelen i innsatsstyrt finansiering (ISF) fra 60 prosent i 2005 til 40 prosent i 2006. Hvis man derimot omregner inntektene for ISF for 2005 til 2006-andelen er det kun en marginal økning i ISF-inntekter på totalt 76 millioner i faste 2006-kroner. ISF-inntekter per innbygger går i gjennomsnitt marginalt ned.
Øremerkede rammetilskudd knyttet til forskning, undervisning og nasjonale kompetansesentra er redusert fra 2005 til 2006. I 2006 ble ikke tilskudd knyttet til undervisning og utdanning gitt som øremerket tilskudd, men derimot som generelt driftstilskudd. Ny virksomhet har kommet til i oppgavene til helseforetakene. Driftskostnader finansiert av de regionale helseforetakene har, jamfør endring i refusjonsandel ISF, økt med 10,2 mrd og utgjør nå 62 prosent av finansieringen av somatisk spesialisthelsetjeneste, mot 45 prosent i 2005.