Modellsystemene vi har jobbet mye med i de siste årene på et systembiologisk nivå inkluderer den metylotrofe bakterien Bacillis methanolicus, den antibiotikaproduserende aktinobakterien Streptomyces coelicolor og den alginatproduserende bakterien Pseudomonas fluorescence.
Nøkkelkompetanse, forskningsområder og produkter
- Kultivering i fullstendig kontrollerte fermentorer (batch, fed-batch, kontinuerlig) for full 'omics høyoppløselig tidsskala prøveuttak, inkludert for myceldannende bakterier som Streptomyces spp.
- Genomikk og RNAseq-basert transkriptomikk
- Metabolomikk (målrettet, ikke-målrettet) ved bruk av SINTEFs omfattende MS-analyseplattform
- Proteomikk (definert, udefinert) ved bruk av MS-analyse
- Stammeutvikling ved bruk av "top-down" syntetisk biologi-teknikker og metabolsk redigering, på bakgrunn av systemskala forståelse av mikrobielle karosseri-organismer
- SINTEF har tidligere deltatt i to ERA-net SysMO prosjekter og leder for tiden to storskalaprosjekter med mål om å utvikle 'Supervert'-stammer av Streptomyces coelicolor for akselerert oppdagelse av bioaktive stoffer ved hjelp av Funksjonell Metagenomikk og for økt produksjon av antibiotika og anti-cancer-komponenter, inkludert fra Bioprospektering.
- Metylotrofi. SINTEF har siden 2002 hatt pågående aktiviteter på metabolsk ingeniørkunst og systembiologiske studier av Bacillus methanolicus, en termofil bakterie som kan omdanne metanol, et ikke-mat-relatert råstoff, til industrielt relevante stoffer som aminosyrer (L-glutamat, L-lysin, L-alanin), amonisyrederivater (f.eks. kadaverin) og terpenoider
Kontaktpersoner: Alexander Wentzel, Tonje Marita Bjerkan Heggeset
Relevante prosjekter:
- ERASysAPP SYSTERACT (2015-2018)
- ERASysAPP MetApp (2015-2018)
- ERA-MBT Thermofactories (2016-2019)
- Biotek2021 Digitalt Liv INBioPharm (2016-2020)
- Gassmaks BioMet (2013-2015)
- FP7 PROMYSE (2012-2014)
- FP6 SynMet (2010-2013)
- ERA-net SysMO STREAM (2008-2011)
- ERA-net SysMO SCaRAB (2008-2011)